La parroquia Pompeya se caracteriza por un relieve plano ondulado, típico de llanura Amazónica como rasgo más sobresaliente, y donde morfoesculturas de terrazas fluviales se expresan notablemente en su territorio parroquial puesto que su localización geográfica en las riberas del gran río Napo, deriva de procesos fluviales en el pasado y presentes que se expresan como parte de su gran llanura aluvial y de otros afluentes que, conformando parte de su cuenca, tributan a su curso fluvial. Así, en el nivel del macro relieve existe correspondencia con la llanura amazónica baja, mientras que a nivel de meso relieve se pueden identificar dos formas de relieve bien diferenciadas, terrazas Aluviales del río Napo y Llanura aluvial planas a suavemente ondulada..

Se diferencia el substrato geológico que corresponde con el área de estudio en la parroquia Pompeya para segregar una geología muy homogénea de formación Chambira para todo el territorio, excepto para el espacio geográfico que involucra el plano inmediato al río Napo, donde se encuentran materiales o depósitos aluviales. Tomándose como referencia la formación Chambira, es de destacar que el substrato se relaciona con diferentes eventos tectónicos polifásicos que se han producido desde el Neoproterozoico hasta comienzos del Cuaternario en todo el espacio geográfico del continente sudamericano y que ha impactado la cuenca amazónica.