La parroquia tiene sus orígenes en la construcción de la residencia misional de Pompeya, que fue creada en el marco de la pugna entre la iglesia católica y protestante. El 21 de septiembre de 1960 los padres Agustín de la Vega y Arnoldo de Buenos Aires, argentinos recién llegados a la prefectura de Aguarico se ubicaron en la nueva residencia que lo denominaron virgen del Rosario de Pompeya en recordación a un célebre santuario de los Capuchinos en Buenos Aires. Según varios relatos únicamente había una familia de indígenas en el sector.
Al inicio en la residencia misional trabajaron la población “nativa” que se habían escapado de sus patronos, los cuales se sentían con derecho a reclamar ya que la misión les estaba quitando a sus trabajadores.
Entre las familias renombradas de la parroquia de aquel entonces están la Albán Machoa, Encarnación Coquinche, Vicente Licuy, Victoria Mamallacta, Isaias Papa, Zoila Noa, Francisco Papa, Tránsito Sucumbíos, Juan Quindigua, María Mamallacta.

Con la ubicación de los misioneros capuchinos, en la isla de Lunchi se tuvo la influencia de poblaciones aledañas como la de San Carlos, Huamayacu, (Jipa, Grefa, Sinquihua, Uquiña), provenientes de Puerto Napo, Misahuallí, Archidona, Pano, (Mamallacta, Licuy, Calapucha, Cerda), últimamente se han visto muchas migraciones de la amazonía a Pompeya incluso gente serrana que contrae matrimonio con los/as “nativos/as” se quedan de manera definitiva.

Al margen derecho del río Napo, se ubicaban el pueblo Waorani los cuales eran temidos, no se conoce de muertes provocadas por las lanzas de estos pueblos, sin embrago existe mucho respeto de la población para no invadir su territorio.